A Faculdade de Jaguariúna – FAJ foi fundada em 04/05/1999 com sede no centro da cidade de Jaguariúna/SP e oferecendo os cursos de Administração e Turismo, com credenciamento publicado na Portaria 586 de 03/05/2000.

Lançamento dos cursos de graduação das áreas de Exatas, Saúde e Ciências Agrárias: Ciência da Computação, Enfermagem, Fisioterapia e Medicina Veterinária.

Início das atividades do Campus II, a fim de atender os cursos de Saúde.

Inauguração do Campus III –  Interclínicas que abriga os campos de estágio e atividade dos cursos de Fisioterapia, Enfermagem, Psicologia, Nutrição, Farmácia, entre outros. 

Inauguração do Campus IV – Hospital-Escola Veterinário, referência na América Latina com mais de 3mil metros quadrados de construção para atendimento clínico e cirúrgico de animais de pequeno e grande porte.

Lançamento dos cursos de graduação na área de Engenharia.

Lançamento dos Cursos Superiores de Tecnologia: Logística, Recursos Humanos e Marketing.

A Faculdade de Jaguariúna recebe credenciamento para oferta de cursos EAD (Ensino a Distância) pela Portaria 1102 de 27/11/ 2015. Em 2016, inicia a oferta do Curso Superior de Tecnologia em Gestão de Recursos Humanos na modalidade EAD, ofertado nos polos de Jaguariúna e Indaiatuba.

Inaugurado o JIC (Juizado Informal de Conciliação) do curso de Direito.

Inaugurado o Centro de Pesquisas Ambientais e Agropecuárias – CPAA, campus V da UniFAJ, dedicado à pesquisa científica relacionada ao agronegócio e engenharias, além de contemplar as mais novas tecnologias na produção leiteira em parceria com a DeLaval e a Nestlé.

A Faculdade de Jaguariúna recebe o reconhecimento de Centro Universitário de Jaguariúna pela Portaria 588 de 04 de maio de 2017.

A UniFAJ se torna signatária do Pacto Global, iniciativa da Nações Unidas (ONU), a fim de ratificar a sua aderência aos Objetivos de Desenvolvimento Sustentável (ODS).

Pela Portaria 125 de 22/04/ 2020, a UniFAJ recebe a autorização para ofertar o curso de Medicina, avaliado pelo MEC com nota máxima em todas as dimensões.

A Prefeitura de Jaguariúna e a UniFAJ inauguraram o CCEM – Centro Clínico de Especialidades Médicas. O campus VI da UniFAJ é dedicado exclusivamente para as atividades práticas do curso de Medicina e demais áreas da saúde.

A UniFAJ, UniMAX e FAAGROH passaram a formar o Grupo UniEduK. A mudança consolida a união de objetivos das instituições que já faziam parte do mesmo grupo educacional. O Grupo UniEduK é consagrado com a implantação do Modelo de Ensino Educar, pelo qual o aluno escolhe as disciplinas que mais fazem sentido ao seu aprendizado naquele momento, seguindo as orientações de carga horária mínima e máxima prevista na grade curricular do curso em que está matriculado. De modo que, os alunos se tornam protagonistas na construção do próprio conhecimento.